La mission arrive alors qu'une majorité d'Arméniens se sont rendus dans leur pays d'origine, après que Bakou a libéré la semaine dernière le territoire d'une occupation de trois décennies par des groupes séparatistes arméniens.
Un porte-parole de la présidence azerbaïdjanaise a déclaré à l'AFP qu'une "mission de l'ONU est arrivée au Karabagh dimanche matin", principalement pour évaluer les besoins humanitaires.
C'est la première fois depuis une trentaine d'années que l'organisation internationale a accès à la région.
Les séparatistes arméniens ont accepté de désarmer, de dissoudre leur "gouvernement" et de réintégrer Bakou à la suite d'une offensive azerbaïdjanaise d'une journée la semaine dernière.
Bakou organise actuellement des pourparlers de réintégration avec les dirigeants séparatistes, tout en détenant certains hauts responsables de l'ancien gouvernement et de l'ancien commandement militaire.
La quasi-totalité des Arméniens du Karabagh sont partis les jours suivants, malgré les promesses du président azerbaïdjanais, Ilham Aliyev, selon lesquelles son pays protégerait leurs droits, conformément à la législation nationale et aux obligations internationales.
Plus tôt dans la journée de vendredi, la Fédération internationale des sociétés de la Croix-Rouge et du Croissant-Rouge a lancé un appel d'urgence de 20 millions de francs suisses (22 millions de dollars) pour venir en aide aux personnes en fuite.
Le président azerbaïdjanais Aliyev et le premier ministre arménien Nikol Pachinyan doivent se rencontrer jeudi dans la ville espagnole de Grenade pour des pourparlers sous médiation occidentale visant à mettre fin à leur inimitié historique.
Le 19 septembre, l'Azerbaïdjan a lancé une opération de lutte contre le terrorisme afin de "restaurer la structure constitutionnelle" au Karabagh, près de trois ans après avoir mené une guerre brève mais brutale avec l'Arménie au sujet de cette région montagneuse.
